本馆已收藏了一批极其珍贵的罕见图书，这些版本在科学或历史价值上都是独一无二的。馆藏珍本总计超过 32,625 册，无论是在出版版本还是主题内容上都具有独特的主题代表性，目前已全部向研究人员及相关领域感兴趣的各界人士开放。
保护各个科学与知识领域的阿拉伯印刷文化遗产，符合本馆的重点发展利益与核心政策。这些珍稀文献包括：
1. 欧洲早期珍稀版本收藏
本馆收藏了一批罕见的欧洲古籍古董版本，其中包括 78 册关于先知穆罕默德生平的珍贵书籍、113 册早期欧洲语言的《古兰经》译本，此外还有 55 册古兰经研究著作以及 54 册涉及伊斯兰教源流的书籍。这些文献生动再现了欧洲对《古兰经》及古兰经研究的早期关注。
同时，本馆还购得了一批于 1592 至 1593 年间在欧洲印刷的阿拉伯语版本图书。这是本馆对原始阿拉伯和伊斯兰文化遗产极高重视的有力体现，其中包含多部极其罕见的经典巨著，例如：伊本·西那（Ibn Sina）的《医典》（Al-Qanun）；由 H·雷特尔（H Reiter）编辑的阿卜杜勒-卡迪尔·阿尔-吉尔贾尼（Abdul-Qadir al-Jirjani）著作《雄辩 rare 秘诀》（Asrar al-Balagha）；由比留尼斯·阿尔-哈基姆（Bilyunis Al-Hakim）撰写、奥斯拉·魏泽（Osla Weiser）编辑的《非斯编年史》（Hawliyat Nashr al-Mathani）；由阿布·阿尔-法拉杰·伊本·阿尔-塔耶布（Abu al-Faraj Ibn al-Tayeb）评注、夸米·吉基（Kwami Jiki）编辑的《伊斯萨哥基之书注疏》（Kitab Risaghuji 注释版）；由贾拉勒·丁·阿尔-苏尤蒂（Jalal al-Din al-Suyuti）撰写、安东·M·海宁（Anton M. Hayinin）编辑的《伊斯兰天文学》（‘Ilm al-Hay’a al-Islami）；以及由贾比尔·伊本·海扬（Jabir Ibn Hayyan）撰写、皮埃尔·洛里（Pierre Laurie）编辑的《至上医学之炼制》（Making the Greatest Medicine），此外还收录了 1,560 册罕见的法文与英文珍本书籍。
2. 阿拉伯语珍稀版本收藏
该收藏包含了 9,750 种阿拉伯语珍稀图书，目前均已完成编目、分类并录入“阿拉伯语图书信息数据库”系统中。
3. 个人藏书馆收藏
在创始人国王阿卜杜拉·本·阿卜杜勒-阿齐兹（King Abdullah bin Abdul-Aziz）的鼎力支持下，本馆得以出资收购了一批珍贵的个人藏书，丰富了馆藏体量。这些文献尤其是包含有关沙特王国、阿拉伯半岛以及整个阿拉伯国家最珍贵的文献档案，主要包括：
A. 乔治·伦茨（George Rentz）藏书库
此项为美国东方学家乔治·伦茨的专属藏书。其中包括大量的阿拉伯语书籍、手稿、地图和珍贵文献，以及约 3,265 册涉及沙特阿拉伯和阿拉伯湾最重要政治、历史和地理事件的外文书籍。乔治·伦茨与国王阿卜杜勒-阿齐兹·阿勒沙特（King Abdul-Aziz Al Saud）处于同一时代，亲历了第二次世界大战、阿拉伯国家联盟的成立、阿拉伯半岛边界的划分以及石油开采初期（1945–1963年）等重大历史时期。
B. 哈姆扎·阿布·巴克尔（Hamza Abu Bakr）藏书库
哈姆扎·阿布·巴克尔曾任伊斯兰学院院长及巴黎大清真寺的前任伊玛目。他的藏书库包含 21,700 种文献，共计 19,821 册，涵盖书籍、期刊、报纸、手稿、档案和新闻剪报。其中包含用阿拉伯语、法语、英语、德语和俄语撰写的重要且罕见的研究报告与书籍，内容广泛涉及法学、文学、政治学、医学、旅行文学、国家与宗教遗产以及人类关系等多个科学领域。该藏书库的书籍可细分为以下几类：
- 阿拉伯语重要主题珍稀图书（9,750册）。
- 极其罕见的法语书籍（目前正在加紧进行编目和分类）。
- 用法语撰写的关于阿尔及利亚和摩洛哥各领域研究的著作。
- 词典和百科全书系列藏书。
- 法语期刊、报纸和杂志收藏，部分文献可追溯至 19 世纪、世界大战期间以及直至 1986 年前的重大历史事件。
C. 多元渠道来源核心馆藏
本馆还包含了涉及伊斯兰教法学（Shari’a sciences）与人文科学、旅行文学，以及记录各国风土人情、传统习俗与文化遗产的杰出收藏。这些文献群组对于研究人员开展学术研究以及从中汲取知识具有举足轻重的特殊价值。
